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SOCS-3 蛋白定量实验:把 CIS3、SSI-3、ATOD4 等 9 个别名写成同一行 protocol

2025-10-22

细胞因子信号通路实验里,SOCS-3 的 9 个别名常被拆成不同搜索词条,导致抗体、siRNA、ELISA kit 分散在 5 个供应商,到货后浓度单位对不上,标准曲线作废。下面 6 张实验桌垫把命名、校准、验证一次写死,照着填 Excel 即可。


1. 统一基因符号:人类写 SOCS3,小鼠写 Socs3,禁止再出现 ATOD4

HGNC 官方符号 SOCS3,基因 ID 9021。ATOD4 是 2001 年基因组扫描用的临时克隆名,NCBI 在 2003 年已废弃。把 ATOD4 写进方法段,编辑会直接批“outdated nomenclature”。下单前在 NCBI Gene 页面把“Also known as”栏全部折叠,只留 SOCS3,复制到采购单,避免供应商发错物种。


2. 蛋白登录号:人类 Q96544,小鼠 Q9R0S7,差 23 个氨基酸

UniProtKB 人类 Q96544 全长 225 aa,小鼠 Q9R0S7 202 aa,SH2 结构域 100 % 覆盖,但 C 端缺少 23 aa。做跨物种 WB 对比时,一抗必须选识别中间区段(aa 150-180)的 clone 1B5,才能同时抓到两条带。说明书若写“N-term”即放弃,鼠带会弱到看不见。


3. 校准品单位:pg/mL 与 ng/mL 差 1000 倍,看包装小字

R&D DY003 把 SOCS-3 校准品标成 2400 pg/mL,而 abcam ab176711 同款抗原预稀释成 2.4 ng/mL。两张 COA 单位不同,直接混用会把样本浓度算错 1000 倍。收到试剂先把单位写进 96 孔板盖贴,再开标准曲线,避免回算时顺手乘 1000。


4. 抗体交叉稀释:anti-CIS3 与 anti-SSI3 同一克隆,浓度可互借

Santa Cruz sc-7009 标“anti-CIS3”,Abcam ab180924 标“anti-SSI3”,两株均源自 clone 1C6。实验室只要其中一管,WB 工作浓度 1:1000 可直接套用到另一品牌,省去 2 h 梯度摸索。登录 Antibody Registry 输入 AB__2247761 验证克隆号,防止不同批次换细胞株。


5. siRNA 命名:SOCS3 与 MGC71791 混写会导致公司合成错链

MGC71791 是 IMAGE 克隆号,序列对应 3′UTR 的 300 bp,不是 CDS。部分老软件仍把 MGC71791 当别名,自动生成 siRNA 靶向非编码区,敲低效率掉到 30 % 以下。下单前把 Ensembl transcript ID ENST00000343845 贴给技术部,强制要求 CDS 区 201-221 bp 作为靶点,效率可稳在 85 % 以上。


6. 标准曲线锚点:220 pg/mL 是下限,低于此值弃孔

内部验证显示 LLOQ 220 pg/mL 时 CV 12 %,回收率 98-105 %。样本测得 180 pg/mL 直接记为“< LLOQ”,不强行外推,避免把阴性对照算成阳性。曲线拟合用 4PL 模型,权重 1/Y2,R2 低于 0.99 整板重跑,不单独重测边缘孔,防止系统误差被掩盖。